在此次税务争议的核心舞台上，A公司与国家税务总局相关部门的法理交锋，不仅检验着税收法规的严谨执行，也探讨了行政程序的正当性与处罚决定的合理性。案件围绕A公司被指虚开增值税发票及逃税的指控，历经稽查、处罚、复议，直至法庭辩论，每个环节都凸显了税法实践的复杂性和对公正裁决的追求。核心议题直指：虚开行为的法律定性、行政程序瑕疵的影响，以及处罚尺度与企业权益保护的平衡，此判决结果将为税务合规树立新的标杆，对税务法治进程产生深远意义。

这是一起关于税务行政处罚的复杂法律争议案件，涉及A公司与国家税务总局某税务局第二稽查局（第二稽查局）及国家税务总局某税务局（省税务局）之间的行政诉讼。案件核心在于A公司被指控在2014至2016年间，通过第三方公司虚开增值税专用发票，从而少缴增值税和企业所得税，遭到税务机关的处罚。A公司对处罚决定及之后的行政复议结果不满，向法院提起诉讼，认为税务机关在事实认定、证据采集及程序执行上存在错误。

法院一审判决确认了第二稽查局及省税务局的行政行为在程序上违法，主要是超出了法定期限重新作出处罚决定以及未充分履行告知义务，但同时认定这些程序瑕疵对A公司的实体权利未产生实际影响，因此维持了税务行政处罚决定。A、第二稽查局及省税务局三方均对一审判决的部分或全部内容不服，提出上诉。

A公司主要上诉理由是原审法院在确认程序违法的同时，却维持了对其不利的处罚决定，认为这是适用法律不当，且原审未能查清其与第三方的真实交易情况、关键人物“张军”的身份、代账会计的角色以及资金流向等关键事实，影响了对案件的正确认定。

第二稽查局的上诉则强调其在发现程序问题后已自行纠正，且提请重大税务案件审理的时间不应计入重新作出处罚决定的期限内，因此认为其行为不应被认定为程序违法。

省税务局的上诉则认为，虽然存在程序上的瑕疵，但这些瑕疵不影响对A公司违法行为的认定和处罚，因此原处罚决定及复议决定应予维持。

整个案件凸显了税务执法中程序正义的重要性，以及在处理税务违法行为时，确保调查的全面性、证据的充分性及程序的合法性对于维护企业合法权益的必要性。最终的司法裁决将对税务机关的执法行为和企业税务合规实践产生指导意义。

1.案件背景：案件背景涉及A公司因涉嫌在2014年至2016年期间，通过B公司和C有限公司虚开增值税专用发票，用以抵扣增值税和减少企业所得税的缴纳，而被国家税务总局某税务局第二稽查局（第二稽查局）处以税务行政处罚。A公司对处罚决定不服，先后申请了行政复议和提起行政诉讼。在这一过程中，税务机关的处罚决定因程序瑕疵（如超期重新作出决定、未充分告知等）被指出，但税务机关和法院均认为这些程序问题不影响对A公司偷税行为的认定，因而维持了处罚决定。A公司、第二稽查局和省税务局均对一审判决表示不满并提起上诉，形成了围绕税务违法行为认定、行政处罚的合法性与程序正当性的一系列争议。  

2.税务违规行为认定：A公司被认定在2014年至2016年期间，通过两家公司虚开增值税专用发票，用于抵扣税款，导致少缴增值税和企业所得税。税务机关认为，A公司的行为构成了偷税，根据相关法律规定，应对少缴税款处以罚款。

3.行政程序违法：虽然税务机关对A公司的违法事实认定基本成立，但其在执法过程中存在程序违法，如超期重新作出处罚决定、未充分履行告知义务等。这些程序瑕疵被一审法院确认，但法院认为这些程序问题未对A公司的实体权利产生实际影响，故维持了处罚决定。

4.复议与诉讼：A公司对处罚决定及省税务局的复议决定不服，提起诉讼。省税务局的复议决定虽然维持了处罚决定，但也指出了一些程序上的“瑕疵”，但认为这些瑕疵不影响对A公司违法行为的认定。

5.上诉理由：A公司认为原审判决确认程序违法但维持处罚决定，适用法律不当；同时，A公司对事实认定存疑，认为原审未充分查清与第三方的真实交易情况、关键人物“张军”的身份、代账会计的角色以及资金流向等关键事实。第二稽查局和省税务局则辩称，程序上的延误有合理解释，且已自行纠正了未告知的

6.法律争议焦点：案件的核心法律争议在于税务机关程序违法的性质与影响，以及如何平衡程序正义与实体正义。此外，还包括税务机关调查取证的合法性和充分性，以及对民营企业的处罚是否适度，是否符合优化营商环境的政策导向。

7.结论：一审法院确认了税务机关的程序违法，但认为这些程序违法对A公司的实体权利无实质影响，因此判决维持处罚决定，同时确认了税务机关及省税务局行政行为的违法性。A公司、第二稽查局和省税务局均对此判决不满，各自提出了上诉，请求二审法院重新审议并作出有利于己方的判决。案件的最终裁决将对税务执法程序、企业税务合规以及行政机关的法律责任产生深远影响。  

（一）《中华人民共和国税收征收管理法》第五条第一款

第五条 国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。

（二）《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九条第一款

第九条 税收征管法第十四条所称按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构，是指省以下税务局的稽查局。稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处。

（三）《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条第一款及第二款第（二）项规定

第二十一条　开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，开具纸质发票应当加盖发票专用章。

任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：

（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；

（四）《国家税务总局关于<国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知>的补充通知》

有下列情形之一的，无论购货方(受票方)与销售方是否进行了实际的交易，增值税专用发票所注明的数量、金额与实际交易是否相符，购货方向税务机关申请抵扣进项税款或者出口退税的，对其均应按偷税或者骗取出口退税处理。

一、购货方取得的增值税专用发票所注明的销售方名称、印章与其进行实际交易的销售方不符的，即134号文件第二条法规的“购货方从销售方取得第三方开具的专用发票”的情况。

（五）《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条

第六十三条  纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

该税务争议案凸显了税务合规的严肃性及程序正义的重要性。A公司与税务机关的博弈，不仅检验了税务执法的严谨性，也强调了企业在面对税务问题时自我维权的必要性。尽管最终处罚决定因程序瑕疵被确认违法，但仍因不影响实体判断而被维持，这提示税务机关需严格遵循法定程序，企业则应加强合规建设，避免违法风险。此案为税务实践提供了宝贵教训，强调了合法合规操作及有效法律救济渠道的不可或缺。