是允许的，购买方取得分公司的专票允许抵扣增值税。虽然三流不一致，但是业务实质是真实业务，都是分公司销售的货物，因此分公司开票是对的，客户允许抵扣增值税，不属于虚开。

建议留存好代收款的合同协议及相关证据链。

看看厦门税务局答复，很有指导意义：

问题内容:我公司和供应商签订购销合同，由供应商开具发票给我公司，要求我公司将货款支付给其指定的第三方企业，请问这符合规定吗？答复机构:厦门市税务局答复时间:2019-07-26答：根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。上述情形中，若第三方企业只是代供应商收取款项，即代收转付，实际收款方为供应商，发票由供应商开具。且有相关文件及合同证明其真实性，可视为符合相关规定。

建议：

规范收款流程：确保由分公司独立收取款项，避免总公司代收。这是最合规、风险最低的方式。

如果因集团资金管理等原因必须由总公司代收，应签订明确的三方协议（分公司、总公司、客户），协议中明确：业务实际由分公司经营，发票由分公司开具，总公司仅作为代收代付方，不承担经营责任和纳税义务。同时，确保资金最终划转至分公司账户。