该问题涉及到房产税的纳税义务发生时间和计税依据两个问题。
一、纳税义务发生时间
根据《关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》(财税地字[1986]第8号)的规定：
1.自建的房屋，自建成之次月起缴纳房产税。这里“建成”的概念可理解为通过“在建工程”科目结转为“固定资产”科目，或者实际投入使用。
2.纳税人委托施工企业建设的房屋，从办理验收手续之次月起，缴纳房产税。纳税人在办理验收手续之前已使用或出租、出借的新建房屋，应从使用或出租、出借的当月起，缴纳房产税。
3.凡是在基建工地为基建工地服务的各种临时性房屋，如果在基建工程结束以后，施工企业将这种临时性房屋交还或者估价转让给基建单位的，应当从基建单位接收的次月起缴纳房产税。
综上所述，自建房屋的房产税纳税义务时间，跟是否取得房产证没有关系。
二、计税依据
房产自用的，以房产原值一次减除10%～30%后的余值为计税依据。具体减除幅度，由省、自治区、直辖市人民政府确定。
从全国情况看，房产原值的减除比例除湖南、陕西两省为20%外，其他省(区、市)均为30%。
实际工作中，确定房产原值及余值的相关规定如下：
1、房产原值是指纳税人根据国家有关会计制度规定核算的房屋原价，一般记载于会计账簿“固定资产”科目中。没有房产原值作为依据的，由房产所在地税务机关参考同类房产核定。
需要注意的是，根据《财政部 国家税务总局关于房产税、城镇土地使用税有关问题的通知》(财税〔2008〕152号)规定，对依照房产原值计税的房产，不论是否记载在会计账簿“固定资产”科目中，均应按照房屋原价计算缴纳房产税。房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。对纳税人未按国家会计制度规定核算并记载的，应按规定予以调整或重新评估。
2、根据《财政部 税务总局关于房产税和车船使用税几个业务问题的解释与规定》(财税地字〔1987〕3号)规定，房产原值应包括与房屋不可分割的各种附属设备或一般不单独计算价值的配套设施。这些设施主要包括暖气、卫生、通风、照明、煤气等设备；各种管线，如蒸气、压缩空气、石油、给水排水等管道及电力、电讯、电缆导线；电梯、升降机、过道、晒台等。属于房屋附属设备的水管、下水道、暖气管、煤气管等从最近的探视井或三通管算起；电灯网、照明线从进线盒联接管算起。
关于房屋附属设备和配套设施计征房产税问题，从2006年起，《国家税务总局关于进一步明确房屋附属设备和配套设施计征房产税有关问题的通知》(国税发〔2005〕173号)又进一步予以明确：即为了维持和增加房屋的使用功能或使房屋满足设计要求，凡以房屋为载体，不可随意移动的附属设备和配套设施，如给排水、采暖、消防、中央空调、电气及智能化楼宇设备等，无论在会计核算中是否单独记账与核算，都应计入房产原值，计征房产税。对于更换房屋附属设备和配套设施的，在将其价值计入房产原值时，可扣减原来相应设备和设施的价值；对附属设备和配套设施中易损坏、需要经常更换的零配件，更新后不再计入房产原值。
3、地价应计入房产原值。
根据《财政部 国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》(财税〔2010〕121号)规定，自2010年12月29日起，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。宗地容积率低于0.5的，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。宗地是指土地使用权人的权属界址范围内的地块，容积率是指项目用地范围内总建筑面积与项目总用地面积的比值。
综上所述，仅仅按照“在建工程”确定房产原值，可能并不符合税法规定，因为：（1）地价通常不会直接计入“在建工程”以及后续的“固定资产”；（2）房屋部分附属设备和配套设施，可能单独确认为“固定资产”，而不在房屋的“固定资产”（或在建工程）原值内。因此，企业应依照税法规定，分析企业的实际情况，然后按照税法规定确认房产税从价计征的计税依据。