根据《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第五条规定，个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人。

自然人电子税务局扣缴端、自然人电子税务局WEB端已优化，不支持被投资企业为转让方申报股权转让个人所得税。

因此，被投资企业无法通过自然人电子税务局扣缴端代为申报自然人股东股权转让的个人所得税，可由转让方通过自然人电子税务局WEB端自行申报或由扣缴义务人办理扣缴申报。

温馨提示：

1.若自然人转让股权给非居民企业，由于受让方企业无法通过自然人电子税务局扣缴端或自然人电子税务局WEB端操作确认，上述情形自然人可前往办税服务厅办理股权转让个人所得税自行申报。

2.若受让方是境内企业，需被投资企业的主管税务机关与扣缴义务人主管税务机关一致，受让方企业作为扣缴义务人，才可通过自然人电子税务局扣缴端或自然人电子税务局WEB端扣缴功能代扣代缴申报股权转让所得个人所得税。

以上内容仅供参考，具体以最新法律法规及相关规定为准。